Malpolon
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Experiment examples
Malpolon
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__getitem__() (in module malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.MicroGeoLifeCLEF2022Dataset)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.GeoLifeCLEF2022Dataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.MiniGeoLifeCLEF2022Dataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.CSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.JpegPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MetaPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MetaTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MultipleCSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MultipleRasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.PatchesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.PatchesDatasetMultiLabel method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.PatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.RasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.TimeSeriesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.TimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.CSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.JpegPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MetaPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MetaTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MultipleCSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MultipleRasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.PatchesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.PatchesDatasetMultiLabel method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.PatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.RasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.TimeSeriesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.TimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.TestDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.TrainDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatPatchRasterDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterTorchGeoDataset method)
(malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
(malpolon.data.environmental_raster.Raster method)
__init__() (malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.TestDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.TrainDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatPatchRasterDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterTorchGeoDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
(malpolon.models.standard_prediction_systems.ClassificationSystem method)
__len__() (in module malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.MicroGeoLifeCLEF2022Dataset)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.GeoLifeCLEF2022Dataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.MiniGeoLifeCLEF2022Dataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.CSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.JpegPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MetaPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MetaTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MultipleCSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.MultipleRasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.PatchesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.PatchesDatasetMultiLabel method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.PatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.RasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.TimeSeriesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2023.TimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.CSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.JpegPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MetaPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MetaTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MultipleCSVTimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.MultipleRasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.PatchesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.PatchesDatasetMultiLabel method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.PatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.RasterPatchProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.TimeSeriesDataset method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024.TimeSeriesProvider method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.TrainDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatPatchRasterDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterTorchGeoDataset method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2GeoSampler method)
(malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
(malpolon.data.environmental_raster.Raster method)
A
add_all_bioclimatic_rasters() (malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
add_all_pedologic_rasters() (malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
add_all_rasters() (malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
all_bands (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2GLC23 attribute)
append() (malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
B
BaseDataModule (class in malpolon.data.data_module)
C
change_first_convolutional_layer_modifier() (in module malpolon.models.model_builder)
change_last_layer_modifier() (in module malpolon.models.model_builder)
change_last_layer_to_identity_modifier() (in module malpolon.models.model_builder)
check_loss() (in module malpolon.models.utils)
check_metric() (in module malpolon.models.utils)
check_model() (in module malpolon.models.utils)
check_optimizer() (in module malpolon.models.utils)
ClassificationSystem (class in malpolon.models.standard_prediction_systems)
clean() (malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
ConcatPatchRasterDataset (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_concat)
ConcatTorchGeoDataModule (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_concat)
configure_optimizers() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
construct_patch_path() (in module malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
coords_transform() (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterTorchGeoDataset method)
CrashHandler (class in malpolon.models.utils)
CSVTimeSeriesProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
D
date_format (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
download() (malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24DatamoduleHabitats method)
download_data_sample() (malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
download_weights() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
E
escape_tex() (in module malpolon.plot.history)
export_predict_csv() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
export_predict_csv_basic() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
F
filename_glob (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2GLC23 attribute)
filename_regex (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2GLC23 attribute)
forward() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
G
GenericPredictionSystem (class in malpolon.models.standard_prediction_systems)
GeoLifeCLEF2022Dataset (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2022)
get_dataset() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24DatamoduleHabitats method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
get_files_path_recursively() (in module malpolon.data.utils)
get_label() (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterTorchGeoDataset method)
get_test_dataset() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
get_train_dataset() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
get_val_dataset() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
GLC24Datamodule (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
GLC24DatamoduleHabitats (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
I
is_bbox_contained() (in module malpolon.data.utils)
is_image (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
is_point_in_bbox() (in module malpolon.data.utils)
J
JpegPatchProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
L
load_bioclim() (in module malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
load_landsat() (in module malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
load_sentinel() (in module malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
M
malpolon.check_install
module
malpolon.data.data_module
module
malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.MicroGeoLifeCLEF2022Dataset
module
malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted
module
malpolon.data.datasets.torchgeo_concat
module
malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets
module
malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2
module
malpolon.data.environmental_raster
module
malpolon.data.get_jpeg_patches_stats
module
malpolon.data.utils
module
malpolon.models.model_builder
module
malpolon.models.standard_prediction_systems
module
malpolon.models.utils
module
malpolon.plot.history
module
malpolon.plot.map
module
malpolon_model_provider() (in module malpolon.models.model_builder)
MetaPatchProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
MetaTimeSeriesProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
MiniGeoLifeCLEF2022Dataset (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2022)
module
malpolon.check_install
malpolon.data.data_module
malpolon.data.datasets.geolifeclef2022.MicroGeoLifeCLEF2022Dataset
malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted
malpolon.data.datasets.torchgeo_concat
malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets
malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2
malpolon.data.environmental_raster
malpolon.data.get_jpeg_patches_stats
malpolon.data.utils
malpolon.models.model_builder
malpolon.models.standard_prediction_systems
malpolon.models.utils
malpolon.plot.history
malpolon.plot.map
MultipleCSVTimeSeriesProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
MultipleRasterPatchProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
N
num_classes (malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.TrainDataset attribute)
O
on_train_start() (malpolon.logging.Summary method)
P
PatchesDataset (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
PatchesDatasetMultiLabel (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
PatchExtractor (class in malpolon.data.environmental_raster)
PatchProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
plot() (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 method)
(malpolon.data.environmental_raster.PatchExtractor method)
plot_bands (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2GLC23 attribute)
plot_history() (in module malpolon.plot.history)
plot_map() (in module malpolon.plot.map)
plot_metric() (in module malpolon.plot.history)
plot_observation_dataset() (in module malpolon.plot.map)
plot_observation_map() (in module malpolon.plot.map)
point_to_bbox() (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterTorchGeoDataset method)
predict() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
predict_dataloader() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
predict_logits_to_class() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
predict_point() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
predict_step() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
prepare_data() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
print_cuda_info() (in module malpolon.check_install)
R
Raster (class in malpolon.data.environmental_raster)
RasterBioclim (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets)
RasterPatchProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
RasterSentinel2 (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2)
RasterSentinel2GLC23 (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2)
RasterTorchGeoDataset (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets)
remove_state_dict_prefix() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
S
save_checkpoint() (malpolon.models.utils.CrashHandler method)
Sentinel2GeoSampler (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2)
Sentinel2TorchGeoDataModule (class in malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2)
separate_files (malpolon.data.datasets.torchgeo_datasets.RasterBioclim attribute)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.RasterSentinel2 attribute)
setup() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
signal_handler() (malpolon.models.utils.CrashHandler method)
split_obs_per_species_frequency() (in module malpolon.data.utils)
split_obs_spatially() (in module malpolon.data.utils)
standardize() (in module malpolon.data.get_jpeg_patches_stats)
standardize_by_parts() (in module malpolon.data.get_jpeg_patches_stats)
state_dict_replace_key() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem static method)
str_object() (in module malpolon.logging)
Summary (class in malpolon.logging)
T
test_dataloader() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
test_step() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
test_transform (malpolon.data.data_module.BaseDataModule property)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule property)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule property)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule property)
TestDataset (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
TestDatasetHabitat (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
TimeSeriesDataset (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
TimeSeriesProvider (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2023)
(class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024)
timm_model_provider() (in module malpolon.models.model_builder)
to_one_hot_encoding() (in module malpolon.data.utils)
torchvision_model_provider() (in module malpolon.models.model_builder)
train_dataloader() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
train_transform (malpolon.data.data_module.BaseDataModule property)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule property)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule property)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule property)
TrainDataset (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
TrainDatasetHabitat (class in malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted)
training_step() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)
V
val_dataloader() (malpolon.data.data_module.BaseDataModule method)
(malpolon.data.datasets.geolifeclef2024_pre_extracted.GLC24Datamodule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_concat.ConcatTorchGeoDataModule method)
(malpolon.data.datasets.torchgeo_sentinel2.Sentinel2TorchGeoDataModule method)
validation_step() (malpolon.models.standard_prediction_systems.GenericPredictionSystem method)